Заменил на днях пару БК 100. В одном перестали работать 48 и 56 квартира. Во втором вообще половина квартир, причем избирательно, например с 33 по 38, с 57 по 59 и т.д. Отрубились именно конкретные квартиры, а не десятки или единицы, т.е. 57-я не работает, а 56,58,59-я работает и 47-я и 67-я тоже работают.

Не работает, в смысле, что вешаешь трубку прямо на БК100, вызова нет, перекидываешь проводок десятков на другой десяток, начинает тут же работать. Ради интереса осмотрел плату. Ни окислений, ни разрушенных дорожек, плата в отличном состоянии.

В чем может быть проблема, объясните пожалуйста.

Вы схему БК видели? (Схема БК на domofon.ru)
Как думаете что может быть повреждённым?
Проверьте выходные элементы - микросхемы едениц и выходные транзисторы десятков. Транзисторы как обычно на пробой, микросхемы на пробой защитного диода в каждом элементе микросхем, для этого прозвоните как проверяют диоды подключаясь к выводузащитного сопротивления (круглое, голубого цвета) идущего к микросхемам и поочередно к каждому из выходов микросхем (т.е. выходов едениц БК).

Здесь, скорее, проблемы в увеличенном сопротивлении ключей в открытом состоянии, раз вылетели отдельные квартиры. Я бы для начала посмотрел питание, в смысле не на внешнем выводе, а на микросхемах, и на всякий случай промерил бы линию между панелью и БК.