Я недавно занялся обслуживанием домофонов, и сразу столкнулся с проблемой. Беру подъезд на обслуживание с двумя дверьми, и на одной из них стоит КТМ-600. Загвоздка в том, что не знаю что делать с ключами в дальнейшем. Как считать мастер-ключ или нужно прописывать новый. И как? В инструкции ни чего не понял.

Ну для начала - не занялся, а попытался заняться обслуживанием.
Если Вы не поняли ИНСТРУКЦИЮ, то здесь Вам вряд ли кто поможет. Может и не стоит пытаться заниматься непонятным делом?!

Правильно выше написали, прежде чем взять на обслуживание объект, нужно хотябы быть уверенным что сможете его обслуживать. В инструкциях написано все подробнее некуда.

Ну не все так подробно. Хотя основа полная.